《百变小樱2》讲述了小学六年级少女木之本樱与她的朋友们在一次偶然中发现了昴田幸弘所创建的另一个世界“红世界”，并开始踏上拯救“红世界”的旅途。跌跌撞撞中，樱意外获得了加冕宝石，成为了寻找传说中的“克鲁罗”卡片的“魔法少女”。
在这一部里，除了原有的樱、小狼、小兔、小李、小早川、小春、红叶、樱之母等角色外，还加入了几个新角色，包括来自“红世界”的馆长，还有和小狼关系匪浅的“白狼”，这些个性鲜明、各具特色的角色为《百变小樱2》增添了几分惊喜与想象力。
本作的画面与卡牌收集系统也得到了进一步的优化，其中卡牌收集系统可以说是游戏中最具特色的地方，不同的卡牌可以让魔法卡的效果与属性大不相同，卡组的选择也极具策略性。此外，《百变小樱2》中还有丰富的剧情线索与海量的探索内容，玩家们可以在这座充满机遇与危机的奇幻之城中尽情探险。
